El Jardín forma parte del Centro Cultural Santo Domingo, que ocupa el antiguo Convento que fue construido en los siglos XVI y XVII para los frailes dominicos, cuenta con una extensión de 2.3 hectáreas y está administrado por el gobierno del estado. El Jardín Etnobotánico muestra en vivo cientos de especies de plantas, todas ellas originarias de Oaxaca. Las plantas provienen de diferentes regiones del estado, tanto de climas áridos como húmedos, de las zonas tropicales bajas y de las áreas montañosas templadas y frías. El Jardín representa así la gran diversidad de climas, formaciones geológicas y tipos de vegetación que caracterizan a Oaxaca. Este recinto tiene cinco áreas para la realización de eventos:

• Explanada La Plazuela tiene un espacio de 675 m2, con capacidad para 700 personas en montaje tipo auditorio y 500 personas en montaje tipo banquete.
• Patío El Huaje el espacio es de 200 m2, con capacidad para 220 personas en montaje tipo auditorio y 150 en montaje tipo banquete.
• El Cubo cuenta con espacio de 85 m2, con capacidad para 90 personas en montaje tipo auditorio y 60 personas en montaje tipo banquete.
• La Taquilla su espacio es de 90 m2, tiene una capacidad para 90 personas en montaje tipo auditorio y 60 personas en montaje tipo banquete.
• Las Orquídeas con un espacio de 40 m2, tiene una capacidad de 35 personas en montaje tipo auditorio y 25 personas en montaje tipo banquetes.